Az Európai Unió úgynevezett élőhelyvédelmi-, valamint madárvédelmi irányelve szerint a tagállamoknak hatévente fel kell mérniük a két irányelvben említett élőhelyek és fajok helyzetét, és helyzetük változásának trendjeit. A szövetségi természetvédelmi minisztérium szervezésében 2013 és 2018 között a Balti-tengertől az Alpokig csaknem 14 ezer adatfelvételt végeztek az ország szárazföldjének 15,5 százalékát és felségvizeinek 45 százalékát kitevő, a Natura 2000 hálózathoz tartozó területek állapotáról.
Kimutatták, hogy a kedvező helyzetben lévő élőhelyek aránya 33 százalékról 30 százalékra süllyedt, illetve a vizsgált védett fajok közül a kedvező helyzetűek aránya stabilan 25 százalék az utóbbi mintegy 20 évben. Ezzel párhuzamosan viszont folyamatosan nőtt a kedvezőtlen vagy rossz helyzetben lévő élőhelyek (32 %) és fajok (37 %) aránya.
A védett állatfajokat tekintve sem sokkal jobb a kép. Az északi-tengeri kúpos fókától az Alpokban élő kőszáli kecskéig valamennyit együttvéve a fajok 30 százalékánál kedvezőtlen helyzetben van az állomány, 33 százalékánál pedig rossz helyzetben. Főleg a lepkék, a bogarak és a szitakötők vannak veszélyben, ugyancsak a mezőgazdasági termelés következtében,