Az erdei vagy mezőgazdasági vadkárok esetében a vadkárbecslő felmérése után a gazdálkodót megilletheti a kártérítés, a kárókatona károkozását követően viszont nem jár kártalanítás a halgazdaságok részére.
Természetes és mesterséges vizeken egyaránt jelentős kárt okoz, a Balatonon például rendszerint zajlik a gyérítésük, de számottevő eredményt a partról nem lehet elérni. A Balaton vízfelületén ellenben nem lőhető a kormorán, mivel a hatóság szerint ott a gyérítéssel a védett, vonuló madarakat zavarnák a vadászattal.
Az már más kérdés, hogy maga a kárókatona is zavarja ezeket a madarakat és a halállományt is.
Nemcsak a hal elfogyasztásával okoz kárt, hanem a halak sebzésével, parazitás halbetegségek terjesztésével, valamint a telelő, nyugalmat igénylő halállományok megzavarásával.
A kormoránok kolóniát alkotva megtelepednek a part menti fákra, ahol hosszabb távon nagy mennyiségben felhalmozott ürülékükkel tönkreteszik a part menti környezetet, így más fajok, például a szürke gém vagy a kócsag fészkelőhelyeit is.
