Az almát augusztusban, szeptemberben még károsítják az almamoly és az almailonca hernyói. Az almamoly legkedveltebb tápnövénye az alma és a dió, de károsíthatja a körtét, kajszit, szilvát, birset, mandulát, naspolyát is. A hernyók a csésze és a kocsány mellől vagy a sodrómolyok rágásának helyén fúrják be magukat a gyümölcsbe, ahol magházig hatoló járatot készítenek és a magvakat is kirágják. A gyümölcs fejlődése megáll és rendszerint idő előtt lehullik. Egy-egy hernyó 2-3 almát is tönkretesz.
A készítmények széles választéka áll rendelkezésre ellene, amelyek akkor hatékonyak, ha a lárvakelésekhez időzítjük a kezelést. A telelni induló hernyók egy része eredményesen összegyűjthető a fákra kötözött hernyófogó övekben is.
Az almailonca tipikus sodrómoly, hajtás- és gyümölcskártevő. Tápnövényei az almafélék, csonthéjasok és bogyósok. Az augusztus közepétől károsító nyári nemzedék hernyói finom szövedék védelme alatt a levelek bőrszövetét rágják vagy a termés felületén hámozgatnak, többnyire egy odaszőtt levél védelme alatt. Az így károsított termés felülete parásodik, némileg torzul. Általában évente két nemzedéke fejlődik. A fiatal hernyók a fa koronájában, szövedék védelmében telelnek. Szexferomon-csapdával a rajzás jól nyomon követhető és időzíthető a védekezés.
A nyár eleji nemzedék májusban, a nyár végi júliusban rajzik. A második nemzedék kártétele augusztusra-szeptemberre esik, és általában az első nemzedékénél is súlyosabb. A fiatal hernyók a közismert hernyófészekben a leveleket károsítják, a fészekből kimászó, idősebb hernyók már a gyümölcsök felületét rágják meg. Az első tünetek megjelenése idején végzett védekezéssel a nagyobb károk megelőzhetők. A mechanikai védekezés során a fertőzött növényi részeket el kell távolítani és elégetni.
A kaliforniai pajzstetű mozgó lárvái is késő őszig megtalálhatók az almafákon. Elsősorban a fás részek kártevője, tömeges előfordulás esetén azonban a rajzó lárvák a gyümölcsön is megtelepedhetnek, ahol a szívogatás helyén piros „lázfoltok” képződnek. A fás részeken a pajzstetvek kerek, koncentrikus körökben elrendezett pajzsai már egy ötszörös nagyítású lupe segítségével felismerhetők. A súlyos kártétel következében a fa egyes ágai, majd az egész fa kipusztul. Amennyiben a károsítás fiatal fát vagy kis termetű cserjét (pl. ribiszkét) érint, a pusztulás gyorsan (1-3 év alatt) bekövetkezhet.
A kémiai védekezés hatékonyságát jó időzítéssel (a lárvák rajzásának kezdete), megfelelő permetezéstechnikával, valamint tapadásfokozó anyag hozzáadásával növelhetjük meg. Mivel a kaliforniai pajzstetű nőstényei a leszedett almán is képesek szaporodni, szüretkor különítsük el a fertőzött gyümölcsöket.
A különböző levélaknázó molyok szinte egész nyáron folyamatosan rajzanak. A hernyók károsításuk folyamán különböző méretű és formájú aknákat készítenek a levelek bőrszövete alatt. Telelhetnek a lehullott levelek aknáiban (almalevél-aknázómoly bábja és almalevél-sátorosmoly kifejlett hernyója vagy bábja), a fák törzsén, vastagabb ágakon (lombosfa-fehérmoly fehér bábja sűrű fehér gubóban), vagy a talaj felső 2-6 cm-es rétegében (almalevél-törpemoly bábja). A rajzásuk szexferomoncsapdával kísérhető figyelemmel. Ha a hím lepkék száma egy hét alatt eléri az 50-100 db-ot, indokolt a védekezés.
A kétfoltos-takácsatka meleg, száraz évjáratokban késő őszig szívogatja az almafák leveleit. A megtámadott levelek torzulnak, felszínüket barnás, bíborvörös foltok borítják, fonáki részüket pedig az atkák által kiválasztott sűrű szövedék fedi. A piros gyümölcsfa-takácsatka kárképe hasonló, de a kétfoltos takácsatkával ellentétben nem készít szövedéket a levelek fonákán. Meleg, száraz nyarakon nem ritka, hogy évente (október közepéig) 7-8 nemzedéke is kifejlődik. A 0,17 mm nagyságú, piros színű téli tojások telelnek át a rügyek tövében, az ágvillák között, vagy a kéregrepedésekben. Az atkák megjelenését követően atkaölő szerekkel gyéríthetjük számukat.
Almában a nyár második felétől a kórokozók veszélye csökken, de nem szűnik meg teljesen. A viszonylag magas napi hőmérséklet és páratartalom miatt még számolni kell a varasodás és esetenként a lisztharmat késői fertőzéseivel, amelyek a gyümölcsön a legszembetűnőbbek. A varasodás kórokozója csapadékosabb időjárás esetén okozhat meglepetéseket. A tünetek a gyümölcsökön a leglátványosabbak, különböző nagyságú és alakú szürkésfekete foltok képében.
A lisztharmat kórokozója a fogékony almafajtákon erős fertőzéskor a gyümölcsöt is megtámadja, ennek eredményeként a héjon parásodás jelenik meg.
Mindezt figyelembe véve, amennyiben az eddigi permetezések ellenére a gyümölcsfákon mégis megjelennek a betegségek jellegzetes tünetei, a tervezett betakarítási időponthoz igazodva érdemes végrehajtani egy utolsó zárópermetezést a varasodás és a lisztharmat ellen kontakt gombaölő szerrel. A szüret előtt már csak olyan készítményekkel permetezhetünk, amelyek élelmezés-egészségügyi várakozási ideje a szüretig betartható!
A kórokozók a raktározás alatt is megtámadhatják a gyümölcsöt. Közülük a penicilliumos gyümölcsrothadás az alma és a körte egyik leggyakoribb raktári betegsége. A termés héján eleinte világosbarna, kerek foltok jelennek meg; később a foltok növekednek, a héj enyhén besüpped, alatta a gyümölcshús kásásan megpuhul és jellegzetes penészes szaga lesz.
Almatermésűekben tárolási betegségek ellen termésérés idején célszerű védekezni egy-két alkalommal (pl. Switch 62,5 WG-vel), s a kívánt hatás eléréséhez a gyümölcsök felületét megfelelően kell, hogy fedje a permetlé.
A későbbi szüretelésű körtefajták (pl. Conference, Nemes krasszán, Hardenpont téli vajkörte) szürete előtt érdemes még egyszer védekezni a varasodás késői gyümölcs- és lombfertőzései, az almamoly, a körte-levélbolha és a kaliforniai pajzstetű gyümölcskárosítása ellen. A körte-levélbolhával erősen fertőzött körtésekben feltétlenül védekeznünk kell, mert az áttelelő egyedek előjövetele akár a fagyokig is elhúzódhat. Közvetlen kártételét a deformálódott levelek, rövid hajtások jelzik, mellettük a lárvák bőségesen termelnek mézharmatot, és az azon megtelepedő korompenész csökkenti a levelek tápanyagfelvételét, elcsúfítják a gyümölcsöt. E kártevő szerepet játszik néhány veszélyes kórokozó (pear decline mikoplazma, pear leaf curl vírus és Erwinia amylovora baktérium) terjesztésében is. A körte-levélbolha imágója telel át a kéregrepedésekben, a lehullott lomb alatt.
Birsen a szüret előtti időszakban még károsíthat az alma és a keleti gyümölcsmoly utolsó hernyónemzedéke, a sodrómolyok, valamint a kaliforniai pajzstetű második lárvanemzedéke is. A moníliás betegség kórokozója a kifejlett gyümölcsöt is megfertőzheti. A kórokozó ebben az időszakban sebeken át fertőz, tehát a molykártevők elleni rendszeres védekezésnek nagy szerepe van a gyümölcsök megóvásában. A moníliával fertőzött barnuló, rothadó gyümölcsök rendszeres leszedésével és megsemmisítésével is megakadályozhatjuk a betegség további terjedését, ami különösen csapadékos időjárás esetén veszélyeztet.