A vizsgálat három nagy kérdéskört érint. Az egyik a Natura2000-területeken alkalmazott hatásvizsgálati és engedélyezési rendszernek, a másik az irányelvek végrehajtásának, finanszírozásának és ellenőrzésének működése. A harmadik terület pedig a fajok védelmére, a kivételekre, valamint az irányelvek mellékleteinek módosítására vonatkozó szabályozás.
Utóbbi abból a szempontból érdekes, mert a szabályozás nemcsak azt határozza meg, mely fajokat kell védeni, hanem azt is, hogy bizonyos fajok milyen feltételekkel hasznosíthatók, illetve mikor és milyen indokkal engedélyezhető eltérés az általános védelemtől. Különösen a madárfajoknál kell összhangban maradni az uniós Madárvédelmi Irányelvvel, amely meghatározza a vadászható fajok körének és hasznosításának alapvető kereteit. Ide tartozik a vízivad-vadászat szabályozása is: a magyar végrehajtási rendelet külön felsorolja a nemzetközi jelentőségű vízi élőhelyeket, közöttük a Fertőt, a Tatai Öreg-tavat, a Velencei-tó térségét, a Balatont, a Kis-Balatont és több más kiemelt területet.
Ez nem jelenti azt, hogy enyhülnének a természetvédelmi szabályok, inkább egyszerűsítéséről lehet beszélni, ami mentén kirajzolódhat, szükséges-e irányelveket módosítani. Ez pedig érintheti egyes fajok státuszát. Ha az EU a felülvizsgálat eredményeként nagyobb rugalmasságot biztosít a tagállamoknak, az Magyarország számára is lehetőséget teremthet egyes szabályok szakmai alapú újragondolására. A felülvizsgálat eredményeit várhatóan ez év végén teszi közzé az Európai Bizottság.
