Kérdéses, milyen lesz a kárpótlási folyamat, amely máig nem tisztázott. Egyelőre csak a kistermelők leölt állatai után fizettek, a nagyok kárpótlására még nem született meg a rendelet. A kárpótlás függ attól is, hogy a tulajdonosok egyáltalán vissza akarják-e állítani a tehenészeteket.
Pomichal István úgy véli, a régebbi telepek nem indulnak újra. A modern telepek esetében viszont fontos szempont, hogy milyen vállalásaik vannak például a partnerek, a bankok felé, vagy akár egy uniós pályázat során (fenntartási idő stb.).
Minden tulajdonosnak mérlegelnie kell, hiszen ez a járvány a piacon bizalmi válságot is okozott. A kereskedő például könnyen leszoríthatja az árakat akár negyven százalékkal az egészséges állományok esetében is, arra hivatkozva, hogy a valamikori fertőzött zónákból ered az áru.
Valahol a kereskedő álláspontja is érthető, hiszen ő is kockázatot, esetleg többletköltséget vállal. A szakember tehát a járvány legsúlyosabb következményének a bizalmi válságot tartja a túltelített európai piacon. Kvóták már nincsenek, árszabályozás nem létezik, a felvásárlók válogathatnak.
A magas energiaköltségek miatt az EU agrárágazata is veszít versenyképességéből, így a felesleget nem tudja elhelyezni a globális piacokon. Márpedig a leginkább érintett tenyészetek óriási volumenben termeltek, létük ettől a piaci bizalomtól függ. Ráadásul beruházásaik célirányosak voltak.
De ugyanígy beszélhetünk a takarmányozási, a trágyakezelési technológiákról is. Tehát egy tehenészet kára nemcsak az elpusztult tehén ára, hanem a kiesett tejmennyiség, a kihasználatlan beruházások, a futó banki hitelek költségei, a beruházás hosszabb visszatérülése… És mindezek mellett ott van a megmaradt takarmány, a trágya – ezek kezelése szintén költségekkel jár.
A technika, a telep fertőtlenítése sem egyszerű, hiszen bármely sarokban, repedésben beszáradt trágyában megmaradhat a kórokozó.
Nagyon sok a kérdőjel
Az állomány visszatelepítése szintén nem egyszerű feladat. Európában ugyan volna elegendő borjú- vagy üszőállomány, ahonnan pótolni lehetne a kiesett 5-6 ezer állatot, de ez nem azt jelenti, hogy egy év alatt visszahozható lenne az a magas teljesítmény, amivel ezek a telepek dolgoztak, amire felállították gazdasági tervüket. István becslése szerint első évben a frissen hozott üszők jó, ha az addigi 12 ezer literes teljesítmény 75 százalékát leadják. A holstein-frízeknél a nemesítési folyamat felgyorsult, de a generációs intervallum továbbra is 4,5 év maradt.
A járvány kérdéseket vet fel azzal kapcsolatban is, hogy mi az állam, mi az unió és mi a gazdaságok felelőssége a biológiai biztonság megőrzésében. Elvben egy minősített, európai szintű telepre volna szükség, amely zárt rendszerben dolgozik: a betegség be se mehetne oda. Szlovákiában ez sertéstenyésztő telepeknél működött, még a gócpontok közelében is.

A fertőzés terjedésére az időjárási körülmények, a párás hideg, optimálisak voltak. A „gazda szeme hizlalja a jószágot” elv szerint a gondos megfigyelés segített volna a betegség korai fázisának felfedezésében. Ám mostanáig az állatgondozók többsége sem találkozott a kórral, az állatorvosi rendszer is megváltozott, minden egyes kiszállásért fizetni kell.
Egy tehén habzó szája láttán az állatgondozó nem fog rögtön a száj- és körömfájásra gyanakodni, és a tünet megjelenésekor a kórokozó amúgy is hét napja benne van már az állat szervezetében. Könnyen eltelhet pár nap, mire a marhát megvizsgálja egy állatorvos, de akkora már több állatban is megjelenhet a vírus. És mire a mintát leveszik, már két hét is eltelhetett a kórokozó megjelenésétől – addigra vélhetően az egész istálló fertőzött. Ennek tudható be, hogy majdnem három hét telt el a kisbajcsi és a bakai eset identifikálása között.

Utólag a fertőzés terjedését nagyon szépen nyomon lehetett követni. A Kisbajcson elkezdődött fertőzés átterjedt a pár kilométerre fekvő, határon túli, felvidéki tenyészetbe, Bakára, Lúcsba és Dercsikára. Friss trágyát szórtak Kisbajcson, amiből a seregélyek átvihették a kórt Bakára. Innen a csilizközi zootechnikusokról vagy az inszeminátorról kerülhetett vissza Magyarországra, Levélre, ahonnan a tejes autó vihette Darnózselire és Kimlébe. Mivel a levéli osztrák tulajdonos és a detrekőcsütörtöki dán tulajdonos szorosan együttműködik – közös az állatorvosuk is –, vélhetően a körmözők vihették Levélről a cseh határ közelébe a kórt.