A védekezés során komoly vitákat váltott ki, hogy kezdetben a gócpontok közvetlen környezetében, az első két községben az összes párosujjú patás állatot kényszervágásra ítéltek, ami főleg a kisgazdákat érintette érzékenyen. Az érvelés szerint ez is segítette a járvány gyors kezelését, e nélkül akár éveken keresztül is elhúzódhatott volna.

A szakember megemlítette, hogy nem kizárt a bioterrorizmus eshetősége sem. Szóltak már fámák arról, hogy vírus az ukrán biolaborok terméke, így büntették a renitens Magyarországot és Szlovákiát, mivel a két ország nem támogatja Ukrajna Európai Unióhoz való csatlakozását.

Egyes virológusok szerint a mostani vírus nem köthető a világban egyetlen létező természetes mutációhoz sem, és mivel másképp is viselkedett bizonyos környezeti hatásokkal szemben, ezért vélhetően nem természetes úton keletkezett. Ha ez az igazság, akkor az egyben szerencse is, mert a mesterséges vírusok jóval hamarabb vesztik el a szaporodási képességüket.

Az alapprobléma azonban továbbra is fennáll, ugyanis a munkaerőhiány miatt egész Európában dolgoznak olyan vendégmunkások, akiknek hazájában ez a betegség természetesen jelen van. Kisbajcson is dolgoztak arab államból származó munkások, kettő közülük a betegség időszakában el is tűnt. De ezek természetesen csak feltételezések, az információs zűrzavarban gyorsan terjednek az ilyen hírek.

A járvány rávilágított a kistermelőkre is. Szlovákiában bejelentés nélkül tulajdonképp csak 300 tyúkot lehet tartani, egy malacot, bárányt is be kell jelenteni. Márpedig a csallóközi ember tapasztalata az, hogy amit bejelentenek, azután egyszer adózni kell. Így sokan „feketén” tartanak állatot (akik még tartanak), és ez szintén akadályozta a védekezést.