A növényvédelem során az első lépés, hogy ne termesszenek kórokozók, illetve kártevők fertőzésére fogékony fajtákat. A növényvédelmi kezelések kétszeri olajos lemosó permetezéssel indulnak a nyugalmi időszak végén. A virágzás kritikus időszak a kórokozók és a kártevők szempontjából, de az esővédő fóliatakarással nagymértékben szárazon marad az állomány, azaz a baktériumok és gombák szaporodásához szükséges víz nem vagy rövidebb ideig áll rendelkezésre.
Májusban a csonthéjas-ültetvényekben a levéltetvek elleni védekezés a legfontosabb. E kártevők számára igen kedvező az eső ellen takart ültetvény, jelentős számban megjelenhetnek, még akkor is, ha adott gyümölcsfaj takarás nélküli állományában nem bukkannak föl. A levéltetvek elleni védekezést az ősanyák, illetve a fertőzött levelek gyűjtése jelenti.
A védekezés másik módja a csalianyagos csapdákban a spinozad hatóanyag alkalmazása.
Gyümölcsritkítást nem minden termelő végez. A szüretet szinte mindenki többmenetesre és hosszú időszakra tervezi, így a kisebb gyümölcsök is fejlődni tudnak a szüret előtti utolsó napokban. Természetesen a biogyümölcsök esetében kizárólag kézi szüret lehetséges.
A svájci gyümölcstermesztő biogazdaságok a lehető legkevesebb termékkezelésre rendezkedtek be a posztharveszt folyamatok részeként, hogy ezzel is óvják a gyümölcsminőséget.
Kihívások
A svájci biotermesztés központja az Aargau kantonban található, 1973-ban alapított Ökológiai Mezőgazdasági Kutatóintézet (FiBL). A kutatóintézet alma-, körte-, cseresznye-, szilva- és kajszifajta-kísérleteket folytatott, olyan fajtákat kerestek, amelyek alkalmasak a biotermesztésre. Az elért eredmények alapján ökotermelők számára ajánlati fajtalistát is összeállítottak. A fajtakísérletek során a biokörülmények közötti termeszthetőségen túl nagy hangsúlyt fektettek a termésritkítás nélküli egyenletes terméshozás megfigyelésére, az alternancia elkerülésére. Sajnos a fajtakísérleteket jelenleg senki sem finanszírozza, így a jövőben nem tervezik a folytatását. A jelenlegi szabályozás értelmében az a termesztő, aki az ajánlati fajtalistáról választ fajtát, telepítési támogatásban részesül.
A termesztők is érzik, hogy a nyugalmi időszakban kevesebb a csapadék, a svájci teleken sem alakul ki olyan vastag hóréteg, mint húsz-harminc évvel korábban. A termeszthetőség kulcsa a tavaszi időjárás, a kora tavaszi fagyok kártékony hatásai ellen védekezni kell. A nyarak melegek, és hosszan tartó aszály figyelhető meg, ez nem kedvez az alma színeződésének, ezért hűteni kell a lombfalat és színező öntözést kell alkalmazni. Gyakoribb és hevesebb jégesők sújtják az ültetvényeket, ezért jégháló nélkül nem lehet jövedelmezően termeszteni. A jégháló esetén a zipzáras zárást tartják a legjobbnak. Viszont a jégháló sem nyújt teljes védelmet: idén olyan apró szemű jég hullott, ami átesett a jéghálón és így károsítani tudta az állományt. Ugyanez igaz a kártevőkre is. Számos kártevő átfér az ültetvényt takaró hálón, így jut be a fák közé.
A svájci táj elengedhetetlen részét alkotják a szórvány gyümölcsültetvények, melyek általában a terület határát jelölték, vagy árnyékot, eső elleni védelmet nyújtottak a gazdáknak. A foltosszárnyú muslica megjelenésével azonban a szórvány cseresznyeállományok kezdenek eltűnni. A kutatók felmérték a szórványgyümölcsösöket, és egy génbanki gyűjteményben összegyűjtötték a genotípusokat, melyek genetikai elemzése és összehasonlító értékelése jelenleg is tart.
