A japán mezőgazdasági szektor tevékenysége korábban jelentős környezeti károkat okozott, például rontotta a vízminőséget, a biológiai sokféleség figyelmen kívül hagyása pedig az invazív fajok megjelenését és a természetes élőhelyek csökkenését eredményezte.

1992-ben foglalkozott a japán kormány először agrár- környezetvédelmi kérdésekkel. Azóta a mezőgazdasági minisztérium fokozatosan kibővítette szakpolitikai és szabályozási kereteit annak érdekében, hogy ösztönözze az agrokemikáliák felhasználásának csökkentését, az állati trágya hasznosítását, és hozzájáruljon a biodiverzitás védelméhez. A gazdálkodók három kategóriája részesül pénzügyi támogatásban: a minősített gazdálkodók, azok, akik régiójukban a hagyományos gazdálkodáshoz képest felére csökkentik a kijuttatott vegyszerek mennyiségét, valamint a biogazdálkodók.

Hokkaido szigetén a helyi gazdálkodók, lakosok és szervezetek széttöredezett élőhelyeket kapcsoltak össze az erdőkkel azáltal, hogy fákat ültettek a legelőművelésre alkalmatlan mezőkre, lejtőkön és vizes élőhelyeken. A Sado-szigeten pedig – amely 2021-ben elnyerte a mezőgazdasági minisztérium fenntarthatósági díját –, a helyi rizstermesztők úgy alakították át gazdálkodási gyakorlatukat, hogy ezzel támogassák a japán tarajos íbisz vadonban való újbóli megjelenését. Ehhez létrehoztak egy privát tanúsítási rendszert is, amely lehetővé teszi az ott megtermelt rizs – íbiszre utaló – márkanévvel történő forgalmazását. A márkaépítés által generált hozzáadott érték azonban nem biztos, hogy elegendő bevételt nyújt a kisméretű gazdaságoknak.

Ennek ellenére előfordulhat, hogy a kisebb gazdaságok nem tudnak elég profitot termelni ahhoz, hogy gazdaságilag életképesek maradjanak.