Indiában két különösen kártékony hernyó veszélyezteti a gyapotot, de a Bt-gyapot szinte bevezetése óta csak egyikük, a gyapottok-bagolylepke (Helicoverpa armigera) ellen volt hatásos.
Eredetileg a másik, a rózsaszín bagolylepke (Pectinophora gossypiella) ellen is működött, de ez a kártevő gyorsan rezisztenssé vált rá, és mostanra nagyobb problémát jelent, mint valaha.
A vetésterületük növekedése miatt a Bt-növények más rovarkártevőknek is egyre nagyobb mértékben ki vannak téve, és a kisgazdák emiatt ma már sokkal többet kénytelenek inszekticidekre költeni mint azelőtt, hogy hallottak volna a Bt-gyapotról. És a helyzet egyre romlik.
