A fokhagyma nemcsak zöldség, fűszer, hanem gyógynövény is. Ma már a fokhagymából sok humán gyógyászatra alkalmas gyógyszert készítenek, ezért különleges gyógynövénykét tartják számon. A fokhagymából készült gyógyszer úgyszólván mindenre alkalmas, a fülfertőzések kezelésétől kezdve a szívbetegségek és tüdőbaj gyógyításán át, egészen a rákos megbetegedések kiegészítő kezeléséig.
A fokhagymát ősszel és tavasszal is ültetik, de mindkettőnek ugyanazok a betegségei. Baktérium és a mozaikvírus is károsítja, előbbi a tárolás alatt lép fel, utóbbi a vegetációban károsít. A mozaikvírus az egész növényt károsítja: kezdetben a vírusos fokhagyma levelei sárgulnak és torzulnak, világossárga csíkok alakulnak ki a levélen. A növények gyengén fejlődnek, és kis, éretlen hagymát hoznak. A vírus levéltetvekkel, valamint szaporítóanyaggal és növényi nedvvel is terjed. Az első tünetek megjelenésekor a növényeket el kell távolítani és elégetni.
A hagyma levélatka jelenlétét nemcsak a levélen, hanem a hagymán is láthatjuk, különösen, ha eltávolítjuk a burkát A tárolt hagymán barnás parásodás, rücskösség látható. Az atka a fertőzött talajból tojások tömegét helyezi a növényekbe.
Főleg akkor fordul elő, amikor érés idején csapadékos az időjárás, de a túlzott nitrogéntrágyázás is segíti kialakulását. A baktérium a fokhagymát a növekedési időszakban fertőzi a nyak felől. A gerezdeken sárga és barna foltok alakulnak ki, bizonyos esetekben a gerezdek átlátszókká, majd nyálkássá válnak, bűzösen rothadnak, és nem képeznek palántákat.
A fokhagymát szárfonálféreg is károsíthatja, ami ellen nagyon nehéz a védekezés. A lárvák a gyökéren keresztül behatolva belső élősködőként táplálkoznak, szaporodnak. Fertőzés esetén akár a termés 50-100%-át tönkretehetik. Komolyan károsít más hagymás növényeken, például a tulipánon, jácinton, nárciszon is. Szabadföldön a fertőzött lombozat megvastagszik, görbül, csavarodik.
Nagyon gyakori betegség a fokhagymán a fuzárium, főként a levegőtlen talajokon. Többnyire a tenyészidő végén károsít. Gyengültségi betegség, a fokhagyma a talajlakó kártevők által okozott sérüléseken át fertőződik meg. A forró és nedves időjárás kedvező a gomba számára. A beteg növény rothad, könnyen kihúzható a talajból. A betegség első tünete a felső levelek sárgulása, és pusztulása. Ha egy ilyen növényt kiásunk, akkor látható, hogy a hagyma alulról elkezdett rothadni. Ennek a kórokozónak a fokhagymán kívül nagyon sok tápnövénye van, a vöröshagyma, a keresztesvirágú növények, tökfélék, paradicsom, kukorica és más növények. Ezek mind a hagyma fuzáriumos fertőzésének forrásai lehetnek. Ugyanazon a táblán 4-5 évenként szabad csak fokhagymát termeszteni. A betegség megelőzése érdekében nagyon oda kell figyelni az egészséges szaporítóanyagra és a talaj gyommentesítésére is, mert a nagy csalán, a pitypang és a bogáncs fertőzési forrás lehet. A fuzárium ellen Trichoderma gombát tartalmazó készítménnyel lehet védekezni.
A fokhagyma a talajban fertőződik meg, de a tünetek a tároláskor tűnnek fel. Különösen akkor károsodik a hagyma, ha a tárolóhely hőmérséklete 12-24 °C között van és a relatív légnedvesség meghaladja a 70%-ot. A fertőzés hosszú ideig észrevétlen maradhat, mert a hagyma nyakán jut be a kórokozó a hagymafejbe.
A talajlakó kártevők (pattanóbogarak, cserebogárlárva) berágására érzékeny a fokhagyma, mert így a sebzéseken keresztül tudják fertőzni a talajlakó gombák is.
Egyes dísznövényeken is (gladiólusz, dália, tulipán, írisz) is megtalálhatók a fokhagyma károsítói, tehát azok is fertőzési forrásai lehetnek a betegségeknek.
