A gazdasági környezet és az ökológiai, klimatikus feltételek változása arra készteti az ágazati szereplőket, hogy újragondolják a termesztési eljárásokat, a borászati technológiát és a gazdálkodás lehetőségeit. A szőlőszaporító ágazat azonban nem élt át ugyanilyen mértékű változást. Továbbra is nagyrészt a kis- és közepes méretű vállalkozások uralják, és bár a korszerűsítésre irányuló előrelépés lehetővé tette a termelés növelését, az ültetési anyag minősége nem mindig felel meg a követelményeknek.
Léteznek ugyan a szaporító-alapanyag minőségét meghatározó szabványok, ezeket azonban a fajta- és alanyválasztáson kívül nem mindig veszik figyelembe a szaporítóanyagot nevelő iskolák és a szőlőtermesztők. Ezért előfordulhat, hogy rosszabb minőségű anyagot ültetnek el, aminek következtében a rosszul eredő, alulteljesítő fiatal szőlőültetvényeket ki kell vágni és öt-tíz éven belül újratelepíteni.

A szaporítóanyagok és szaporító- alapanyagok hibái számos forrásból eredhetnek, és gyakran több tényező (egyebek között a metszés minősége, a termesztési gyakorlat vagy a hűtőtárolási körülmények) kölcsönhatásaiból adódnak, de a látszólag tünetmentes szaporítóanyagban terjedő gombás törzsbetegségek is gyakran okozói a nem megfelelő minőségnek. A szaporítóanyagban terjedő fás betegségek kórokozói a Phaeomoniella chlamydospora, Phaeoacremonium spp., Botryosphaeria spp., Cylindrocarpon spp., Ilyonectria spp. és a Phomopsis viticola, amelyek gyakran nem önmagukban, hanem egymással kombinálódva vegyes fertőzéseket idéznek elő. Azonban más kórokozók, köztük a Fomitiporia punctata és a Fusarium spp. is összefüggésbe hozhatók a fiatal szőlőültetvények leromlásának nevezett betegséggel. A nem megfelelő tárolási körülmények, a helytelen ültetési gyakorlat miatti stressz még akkor is káros, ha a törzsbetegségek nincsenek jelen, és közrejátszik a korai ültetvénypusztulásban, valamint növeli a törzsbetegségek kialakulásának esélyét.
Fertőzési kockázatok
A szőlő viszonylag könnyen szaporítható növény, de jelentős szakértelmet és szervezettséget igényel a szaporítóanyagának az előállítása. Komoly gond, hogy a gyökereztetőiskolák eredési százaléka alacsony, 40-60% körüli.
Például a túlzott nitrogén- és vízadagolás következménye lesz a vesszők megnyúlt ízköze, a viszonylag nagy fa-bél arány, ami forradási, kalluszosodási problémákhoz vezet. Hasonlóképpen, a szárazságtól sújtott vagy alultrágyázott, túlterhelt szőlőtőkékről származó dugványok általában vékonyabbak és gyengén gyökeresednek, és ha mégis gyökeret eresztenek, a későbbi stressz hatására valószínűleg elpusztulnak.
Jól ismert a szaporítás során átvitt kártevők és kórokozók hatása a szőlő telepítésére és az ültetvény élettartamára, ugyanakkor az anyatelepek és szőlőiskolák is lehetnek bizonyos esetekben kórokozók és kártevők terjedését elősegítő gócpontok.

A vírusok esetében a magas minőségű certifikált törzsültetvények megoldást jelentenek az egészséges alapanyag biztosítására. Az izolátorházban elhelyezett prebázis kiinduló anyag esetében minimálisra csökken a kórokozók és kártevők általi fertőzés mértéke, de a szabadföldi bázis és certifikált minősítésű törzsültetvényekben már fennáll a fertőzés és a látens terjedés (fitoplazma, Pierce-betegség, agrobaktérium, törzsbetegségek stb.) lehetősége.
A törzsbetegség kórokozóinak terjedésében szerepet játszik az eső, a szél és a szennyezett talaj, ezért feltételezhető, hogy minden szaporítóanyag- termő ültetvényben van némi törzsbetegséget okozó fertőzőanyag. A forró vizes hőkezelés (általában 50 °C-on 30 percig) jelenleg a leghatékonyabb védekezési mód a dugványok egyes betegségei ellen, de a törzsbetegség kórokozóival szemben nem nyújt 100%-os védelmet.
Forró vizes kezelés
A szaporítóanyagok forró vizes hőkezelése is okozhat károkat, de ezek termesztőtájanként eltérők lehetnek. Egyes tanulmányok szerint minimális hatással van a dugványok életképességére, ugyanakkor Új-Zélandon viszonylag hűvös éghajlati körülmények között a szőlőszövetek elfogadhatatlan károsodásáról számoltak be az 50 °C-on 30 percig végzett kezelés után, a 48 °C-on 30 percig tartó kezelés pedig biztonságosnak és hatékonynak bizonyult egyes kórokozókkal szemben. Ezzel ellentétben Spanyolországban a szőlő és kórokozói magasabb hőmérséklethez vannak szokva, emiatt a 30 percig tartó 50 °C-os hőmérsékleten való kezelés nem elegendő a törzsbetegségekért felelős kórokozók elleni védekezéshez, és az 53 °C-os hőmérsékletű kezelést alkalmazzák a kezelt anyag jelentős károsodása nélkül.
A hőkezelés magas hőmérséklete károsítja azt az anyagot, aminek a hűtőházból való kitárolása után nem volt elég ideje hozzászokni a környezet hőmérsékletéhez, azaz nem edződött meg. A környezet hőmérsékletéhez való hozzászoktatás során a növényekben olyan fehérjék képződnek, amelyek védenek a hősokk ellen és elviselhetővé teszik a hőkezelés természetellenesen magas hőmérsékletét.
A technológia buktatói
A kiváló minőségű szaporítóanyag, a megfelelő és időben történő feldolgozás, a lelkiismeretesen betartott higiénia és a gondosan vezetett nyilvántartás a sikeres szaporítás sarokkövei. A helyes szőlőiskolai gyakorlat megőrzi és javítja a dugványok minőségét a szaporítási folyamat során, ugyanakkor a nem megfelelő ápolási munkák és tárolási körülmények (nedves dugványok hűtőtárolása, a tárolózsákok vízzel és fűrészporral vagy más nem steril anyaggal történő kiegészítése, a tárolózsákok lezárása, a dugványok vízben való áztatása és a rossz higiéniai viszonyok) a minőségi szaporítóanyagot is tönkretehetik.
Ennek az eljárásnak azonban hátrányai is vannak, például az, hogy a többször felhasznált áztatóvizet beszennyezhetik a fertőzött dugványokból származó mikroorganizmusok, és onnan továbbfertőzhetnek. A szőlőiskolák biocideket adagolnak az áztatóvízhez, ennek ellenére mégis fennállhat a keresztfertőződés lehetősége, ha csökken az alkalmazott biocid koncentrációja, ha rezisztens mikroorganizmusok vannak jelen, vagy ha ugyanazt az oldatot többször használják fel. A mikroorganizmusok biofilmréteget alkothatnak az áztatókádak, edények felületén, ami a rutinszerű tisztítás után is megmarad, és szennyezheti a következő dugványtételeket.
Károsodhat a szaporítóanyag a gyökereztetés során is: kiszáradhat, ki van téve a szélsőséges időjárási elemeknek, sebzések érhetik, növényvédő szeres kezeléskor perzselődhet. Ezek a stressztényezők látszólag nem feltűnők, hatásaik késleltetve jelenhetnek meg, ami megnehezíti az eredeti okok azonosítását, különösen akkor, ha azokat kisebb jelentőségűnek tekintik.