Szerzők: Péri Lilla,
Nagyné dr. Galbács Zsuzsanna,
dr. Várallyay Éva
A módszer lehetővé teszi, hogy feltárjuk a növényi mintákban jelen lévő vírusok teljes körét, az úgynevezett viromot. Ezáltal nemcsak ismert növényi vírusok jelenléte igazolható, hanem számos, korábban le nem írt vagy gazdasági jelentőségében még nem tisztázott vírus is azonosítható.
A HTS első lépéseként a begyűjtött mintákból nukleinsavat tisztítunk. A mintában levő összes nukleinsav nukleotid-sorrendjének meghatározása egyszerre történik. A kapott szekvenciákat bioinformatikai módszerekkel elemezve, ismert vírusok szekvenciájával összevetve, eredményül egy vírustalálati listát kapunk. A mintában így azonosított vírusok jelenlétét ezután független módszerekkel, például RT-PCR-rel igazoljuk.
Fertőzési források, terjedési útvonalak
A HTS-t nemcsak a haszonnövények, hanem a gyomnövények vizsgálatában is használhatjuk, ahol a fertőzések gyakran tünetmentesek, és a vírusok hagyományos módszerekkel nehezen mutathatók ki. A gyomnövények ilyen szempontból különösen érdekes vizsgálati célpontok, mivel gyakran hordozhatnak különböző vírusokat anélkül, hogy látható tüneteket mutatnának, miközben folyamatos kapcsolatban állnak a termesztett növényekkel és a vírusvektor rovarokkal. A mezőgazdasági területeken általában több növényfaj él egymás közelében, ami kedvez a vírusok fennmaradásának és átadásának a különböző gazdanövények között, különösen rovarvektorok közvetítésével.
A gyomnövények fontos vírusrezervoárként működhetnek, mivel a kórokozók olyan időszakokban is fennmaradnak rajtuk, amikor a kultúrnövények nincsenek jelen a területen. Emellett számos vírusvektor rovarfaj tápnövényei is, így a fertőzések terjedésében közvetett módon szerepet játszhatnak, és fertőzési forrásként szolgálhatnak a termesztett növények számára. Az inváziós gyomfajok különösen meghatározóak lehetnek ebből a szempontból, mert gyors terjedésük és jó alkalmazkodóképességük révén kedvező feltételeket teremthetnek új vírusok és vírusváltozatok fennmaradásához.
A viromvizsgálatok fontos információkkal szolgálhatnak a vírusok ökológiájáról és arról, hogyan maradhatnak fenn a mezőgazdasági területeken. Különösen jelentős lehet ez olyan helyeken, ahol a kultúrnövények közvetlenül érintkeznek a természetes növényzettel. Az ültetvények szegélyében vagy művelésből kivont területeken fennmaradó gyomállományok hosszabb távon stabil élőhelyet adnak a vírusok és a vírusvektor rovarok számára, ami növelheti az újrafertőződés kockázatát.
Az ilyen vizsgálatok hozzájárulhatnak a vírusfertőzések terjedési útvonalainak jobb megértéséhez és a növényvédelmi stratégiák megalapozásához.
Saját vizsgálataink során gyomnövényekből több, eddig kevéssé ismert vírus jelenlétét is kimutattuk nagy áteresztőképességű szekvenálással. Az azonosított vírusok között szerepelt a Wuhan aphid virus 2 (WHAV2), a Wuhan insect virus 21 (WhIV21) és az Aphis glycines virus 1 (APGlV1), amelyeket eredetileg rovarmintákból írtak le. Jelenleg nem ismert, hogy ezek a vírusok képesek-e növényeket fertőzni, vagy elsősorban rovarokhoz kötődnek. A különböző gazdanövényeken való azonosításuk során felmerült bennünk a kérdés, hogy vajon az azonosított vírus valóban fertőzi-e az adott gazdanövényt, vagy a sikeres azonosítás csak a növényen levő rovarszennyeződést mutatta ki, és a növény valójában nem gazdája a vírusnak. A kérdés eldöntésére DNS-alapú fajazonosítást végeztünk.
