1985-ben alapították, azzal a céllal, hogy megőrizzék a cseppkőbarlangok mellett a vidék felszíni karsztjelenségeit és a területén élő védett állat és növényfajait; címerállatául a foltos szalamandrát választották.
Nagyon fontos dátum még a tájegység idővonalán 1979 is, amikor az UNESCO bioszféra rezervátummá nyilvánította.
Nem véletlenül nevezik a környéket víz alkotta csodavilágnak: a karsztformák általában az enyhén savas víz és a benne oldódó kőzet, például mészkő vagy dolomit kölcsönhatásának eredményeképpen jönnek létre. E folyamat hatására alakulnak ki a felszíni formák, például a népnyelv által csak ördögszántásnak nevezett barázdák, a töbrök, víznyelők, mésztufalépcsők, szurdokok, valamint a felszín alatti barlangok, cseppkövek.
A környék arculatának kialakulása földtörténeti szempontból 250 millió éve kezdődött. Az akkor lerakódott törmelékes, üledékes kőzetek ma is meghatározzák a talaj szerkezetét. A barlangokban, melyekből hazánkban 170-nél is többet számlálunk, mintha megállt volna az idő: járataikban sétálva– az állandó hőmérsékletnek köszönhetően – lehetetlen megmondani melyik évszakban járunk. Az óriások terme a Baradla barlangban (melyet 1995 óta az UNESCO világörökségei közé sorolunk) két szint összeolvadásával jött létre. Fontos tudni, hogy a környezet állagmegóvása érdekében a látogatható barlangokban csak a túrák ideje alatt van világítás, hogy ne szaporodjanak túl a fényben növekedni képes mohák.
Fontos információ a kirándulók számára az is, hogy az Esztramosi bánya Rákóczi-barlangja jelenleg csak barlangi búvárok számára látogatható. Roppant fontos kutatómunka a barlangok élővilágának megfigyelése: az aggteleki vakbolharákok besodródó növényi részekkel táplálkoznak, ugyanakkor ragadozó életmódot is folytathatnak. Bennszülött faj még a szemercsés vakászka és a magyar vakfutrinka.
A felszín természetesen nem csupán parányoknak ad otthont, hiszen a töbrök, amelyek kisebb-nagyobb, a mészkő oldódásával, korróziójával létrejött kerek bemélyedések, számos növény- és állatfajnak adnak élőhelyet.
A keltikék jelenléte azért fontos, mert a kis apollólepke hernyójának tápnövénye. Ha ezeket a hegyi réteket nem kaszálnák rendszeresen, hamar visszaerdősödnének, így pedig ez az értékes élővilág megszűnne. A magasabb füvű, nedvesebb rétek lakója a fokozottan védett haris, melynek jelenlétéről sokszor csak recsegő hangja ad hírt, ugyanis rejtőzködő, magányosan élő madár. Ezeken a területeken júliusig nem szabad gépi kaszálást végezni, hogy a fészkek ne szenvedjenek kárt.
Az erdőkkel borított felületek fafajainak állományát őshonosan elsősorban gyertyános tölgyesek és bükkösök adják. A fenyők telepítés útján kerültek a területre.
Az Aggteleki Nemzeti Park igen gazdag madárvilággal rendelkezik: megtalálható itt kígyászölyv, karvaly, békászó sas, hazánkban csak itt fészkelnek szirti sasok, melyek szárnyfesztávolsága a két métert is meghaladhatja. A bagolyfélék közül az uráli bagoly populációja is említésre méltó. Az erdőkben pedig rejtőzködő életmódot élve, de a vadkamerák által jól nyomon követhető a hiúz, megtelepedett a farkas és időnként kóborló medve is a területre téved. A vadon élő állatok közül a muflon nem őshonos: vadászati céllal telepítették be az 1800-as évek második felében. Szintén emberi beavatkozás nyomát viseli a hucul ménes, melyet viccesen a Kárpátok pónijának szoktak nevezni, – 200 egyedet számláló állományát jelenleg génmegőrzési céllal tartják a Gergés-lápai legelőkön.
A becézve csak Rudinak nevezett, elsőként föllelt maradvány egy állkapocstöredék, négy foggal. A Háromhegyi Pálos kolostor az egyetlen magyar alapítású szerzetesrend mementója. A templomot a Boldogságos Szűz tiszteletére építették, de 500 éve üresen áll. A terület írásos emlékek szerint már 1295-ben is lakott volt, az itt élő emberek az állattartás mellett főként mész- és szénégetéssel foglalkoztak.
Bizonyosan nem fog hát unatkozni az a kirándulni vágyó utazó, aki hazánk északi területeit kívánja felfedezni.
