Színeik megválasztásakor az egyéni preferencia dönt, de a modern zen kertekben ajánlatos mégis inkább az elevenebb, világosabb színű köveket használni. Elhelyezésükkor abszolút kerülni kell a szimmetriát és a páros számú elrendezéseket. Érdemes tanulmányozni minél több ábrát, képet, illetve ha van rá módunk, meglátogathatunk kész zen kerteket, hogy lássuk, hogyan alkalmazták ott a köveket, és ez milyen hatást vált ki belőlünk.

Növények

Ha a hosszú életet szeretnénk szimbolizálni, válasszunk örökzöldeket, ha viszont a mulandóságot, ültessünk lombhullató fákat, például a lenyűgöző formájú, és gyönyörű színezetű japán juhart, tölgyet, vagy strapabíró gyümölcsfákat (például cseresznyét, szilvát) stb. Ha az állandó változást, az évszakok hullámzását szeretnénk megjeleníteni, akkor válasszunk mindkét előző csoportból, tehát lombhullatót és örökzöldet is. Nagyon kedvelt a bonsai-ok, bambuszok, alacsony örökzöldek, törpecserjék, páfrányok, mohák használata. Az örökzöld fenyők az állandóságot, a hosszú életet és a reményt jelképezik. A bambusz az erőt, a rugalmasságot és az ürességet szimbolizálja. Az azáleák vagy más virágos cserjék az élet ciklikusságát, a szépség múlandóságát és az újjászületést jelképezhetik.

Víz

Egy nagyobb, lapos kő szimbolizálhat tavat, vagy készülhet tengernyi kavicsból patak. A kavics könnyebben fésülhető, mint a homok, használatával precíz tartós hullámokat kapunk.  A valódi víz jelenléte nem jellemző a zen kertben. De természetesen lehetséges, ha nagyon szeretnénk, egy csobogó például kellemes, nyugtató hangokat okoz és elősegítheti a meditációt.

Kavics és homok

A vízfelületek megjelenítéséhez jellemzően a kavicsokat hívják segítségül. És a kavicsos felület az „üresség” otthona is. Ez az a hely, ahol a dolgok létrejönnek, megnyilvánulnak. Fontos, hogy jó minőségű, egyenletes szemcseméretű legyen, ami jól gereblyézhető. A fehér vagy világos színű kavicsok a leggyakoribbak. Gereblyézésük a meditációs folyamat része, egy elsajátítható készség, amely segít javítani a mentális koncentrációt. Bár a kavicsfolyamok könnyebben karbantarthatók, alkalmazhatunk helyette homokot is.

A szemlélő nézelődő pontja

A zen kertnek nem feltétlenül kell nagynak lennie, viszont ideális, ha úgy állítjuk össze, hogy egy bizonyos pontból (az ablakunkból vagy a teraszról például) bármikor belátható legyen, mint egy élő műalkotás.

Viszont őrizzünk is meg valamennyit a szellemiségéből, mert ha túlzottan elrugaszkodunk, akkor nem zen kertet fogunk készíteni. Ez is egy jó kihívás, megtalálni az egyensúlyt a régmúlt hagyományai és a mi friss elképzeléseink között.