Közülük kiemelendő az optimális termőhely megválasztása, vagy az adott termőhelyhez alkalmazkodó alany és fajta. Növényvédelmi szempontból fontos, hogy minden esetben első osztályú, vírusmentes szaporítóanyagot használjunk.
A meggyfák növényvédelmét a meggy moníliás betegsége, a blumeriellás levélfoltosság, a levéllyukacsosodás, a cseresznyelégy, a levéltetvek, és – főként az Alföldön – a lombosfa-fehérmoly elleni védekezésre alapozzuk. Telepítés előtt mérjük fel a talajban élő károsítókat, és amennyiben két négyzetméteren több mint egy pajort találunk, indokolt a talajfertőtlenítés elvégzése.
A meggy moníliás betegsége súlyos károkat okoz a virágok, hajtások, ágrészek elhalásával, később a gyümölcsök rothadásával, főleg azokban az években, amikor a virágzás időszakában hideg, esős, párás időjárás köszönt be. A betegség legjellegzetesebb tünete az, hogy a fertőzött virágok a levelekkel együtt barna csomókban lógnak a vesszőkön, mintha leforrázták volna azokat, és az elhalt virágrészeken apró, szürke penészpárnák képződnek.
A legnagyobb veszélynek a gondozatlan fák vannak kitéve. A kórokozó a gyümölcsöket az érés körüli időszakban fertőzi. Ilyenkor a rovarkártevők (cseresznyelégy) vagy a viharkárok okozta sérülésekből indul meg a rothadás, aminek kezdetét az egyre terjedő barna, rothadó foltok jelzik. A fertőzött gyümölcsök lehullanak, vagy mumifikálódva a fán maradnak. Felületükön elszórtan a gomba szürkés penészpárnái jelennek meg.

A védekezést a fehérbimbós állapottól célszerű elkezdeni. Esős, párás, ködös időben, vagy elhúzódó virágzás esetén további permetezések is szükségek. Ezeket a virágzás kezdetén és a virágzás végén végezzük el, lehetőség szerint felszívódó gombaölő szerekkel (pl. Chorus 50 WG, Folicur Solo).
A nyugalmi időszakban a metszés során el kell távolítani a gyümölcsmúmiákat, a száraz virágokat, a fertőzött, fölrepedezett vesszőket. Az áttelelő képletek gyérítésére ajánlott az őszi rezes lemosó permetezés, amit tavasszal rügypattanás előtt érdemes megismételni! A lemosó permetezést az Astra Rézoxiklorid, Bordóilé Neo SC, Champion 2 FL, Cuproxat FW készítmények valamelyikével végezhetjük.
Húsz éve hazánkban is megjelent a csonthéjasok amerikai barna rothadását okozó betegség, amelynek okozója a Monilia fructicola. Ez a gomba a moníliás betegségtől eltérően az éretlen gyümölcsöt is képes megfertőzni, bár a tünetek érésig látensek maradnak.
A fertőzés következtében a termésen az egész gyümölcsre kiterjedő szürkés penészgyep jelenik meg. A gyümölcs száraz időben mumifikálódik, nedves időben gyorsan elrothad. Tavasszal a fertőzés az áttelelt, sebekkel tarkított ágakról, virágkocsányról, a gyümölcsmúmiáról származó szaporítóképletekkel indul. A fertőzésre kedvező időben többször védekezzünk felszívódó készítményekkel.

Csak a levelek fertőződnek: a színükön nagy számban 1-3 mm-es lilás, elmosódott szélű foltok láthatók. A levél fonákán kialakuló foltokon tejeskávészínű kiemelkedő pörsenések, a kórokozó spóratelepei láthatók. Erős fertőzés esetén a foltok szinte az egész levéllemezt beborítják, összeolvadnak. Jellegzetes tünet, hogy a foltok között a levéllemez sárgul, a fertőzött levelek idő előtt lehullanak.