Ahogy az előző cikkünkben taglaltuk a szántóföldi növénytermesztők ökológiai gazdálkodásra történő átállását, úgy az állattenyésztő gazdaságoknak is van lehetőségük erre. Figyelembe kell venni azonban, hogy nem lehetséges a párhuzamos állattartás, azaz nem lehet azonos állatfajt tartani egyazon gazdaságban ökológiai és nem ökológiai minősítésben. A beszerzett állatok származhatnak ökológiai gazdálkodásból.

Főbb haszonállatok átállási ideje:
- tojóbaromfi: 6 hét (három napos kor előtt állították ökoba),
- pekingi kacsa: 7 hét (három napos kor előtt állították ökoba),
- húsbaromfi: 10 hét (három napos kor előtt állították ökoba),
- nyúl: 3 hónap,
- tejhasznú szarvasmarha, juh, kecske, sertés: 6 hónap,
- méh, szarvasfélék, ló, bivaly, húshasznú szarvasmarha: 1 év (élettartam minimum háromnegyed részét ökogazdálkodásban töltötte).

Az állati trágya kijuttatásának is meg vannak a bizonyos ökológiai feltételei. Az öko állati trágya + pozitív listás állati trágya összesen nem haladhatja meg parcellánként a 170 kg/N/ha/év mennyiséget – ez a szabály a talajba kijuttatott nitrogén-terhelés korlátozása miatt fontos az ökológiai gazdálkodásban művelt területeken.
A 100 százalékban ökonövényből előállított takarmány maradéktalanul etethető. Az átállási idő során megtermelt takarmányok feletetésében ellenben már korlátokba ütközünk. A saját előállítású takarmány, mely az átállási idő 2. évéből származik, szintén 100 százalékban adható az állatoknak. A nem saját előállítású, azaz vásárolt, átállási idő 2. évéből származó takarmány maximum 25 százalékos arányban lehet a takarmányadagban. A saját előállítású, átállási idő 1. évéből keletkezett takarmány maximum 20 százalékban lehet jelen a takarmányadagban. Konvencionális takarmány is feletethető a takarmányadag maximum 5 százalékát nem meghaladóan, ha nem öko-fehérjetakarmányról van szó, ökogazdaságból nem sikerült vásárolni takarmányt, kémiaioldószer-mentes, és legfeljebb 35 kilogrammos súlyt nem elérő malacnak, illetve fiatal baromfinak adható.
Ennek a szabályozásnak elsődleges célja a fogyasztók védelme, a tisztességes piaci verseny biztosítása, a gazdálkodás közös elveinek meghatározása, valamint a mezőgazdasági termelésből származó környezeti terhelések csökkentése.