Hosszú távú, nagy dózisú alkalmazás esetén károsíthatja a vesét és a májat. A kecskeruta vércukorszint-csökkentő hatása miatt veszélyes lehet cukorbetegek számára, ha nem megfelelően alkalmazzák, mivel súlyos hipoglikémiát okozhat.

A kecskeruta és a metformin

A növény vércukorszint-csökkentő hatása inspirálta a metformin gyógyszer kifejlesztését, amely a mai napig az egyik leggyakrabban alkalmazott gyógyszer a 2-es típusú cukorbetegség kezelésében. A metformin hatásmechanizmusa hasonló a kecskerutához, azonban a gyógyszer standardizált dózisban és szigorú orvosi felügyelet mellett alkalmazható, így elkerülhetők a növényi készítményekkel járó esetleges nem megfelelő dózisból adódó mellékhatások.

A kémiai módosításoknak köszönhetően a metformin jobb hatással és biológiai hasznosulással rendelkezik, mint a kecskeruta vegyületei, ezért a terápiában már a szintetikus, módosított hatóanyagot és nem a kecskerutateát használják.
Ennek ellenére számos termék kapható jelenleg is, mely e növényből készül, ám ezek is kapszulázottak, tehát az adagolásuk így jobban kontrollálható, mint ha házilagosan, a növényt használná fel a beteg.