Már az sem egyértelmű, hogy mit is nevezünk halfajnak. A kiadás előtt álló Magyar Halkönyv szerzőgárdája szerint, a tudomány jelenlegi állása szerint
- az önálló fajként elfogadott halak, mint amilyen az aranyhal,
- az úgynevezett fajkomplex szemlélettel elfogadott halak (fenékjáró küllő, kismárna, törpecsík),
- az ingolák,
- valamint a „befogadott” hibrid, a csíkos sügér, aminek az „alkotó” fajai önálló fajként nem élnek Magyarországon
tekintendők hazánkban olyan halfajnak, amelynek jelenlétét elismerik. Vagyis ezen halfajoknak az elmúlt 50 évben természetes vízben egynél több alkalommal bizonyíthatóan előkerült élő példányuk; vagy ismert állományuk legalább egy vízterületen több éve előfordul (ez lehet termálvizes víztér is); illetve egyes horgászvizekbe folyamatosan telepítik (pl. afrikai harcsa).
A hazai halfajok felméréséhez a horgászok is hozzájárulhatnak, hisz a szakemberek folyamatosan várják a hiteles adatokat. Ezek lehetnek olyan, bárki által készített fotók, amelyek a halfaj egyértelmű azonosítására alkalmasak, de hiteles, dokumentált horgász- vagy halászfogások is.
Ezen elméleti háttér alapján a Magyar Halkönyv 2023. március 1-jén 97 magyarországi halfajt tart számon: 91 halfajt, 3 fajkomplexet, 1 „befogadott” hibridet és 2 ingolafajt. Ezen fajok közül 8 fokozottan védett, 20 pedig védett státuszú.
Őshonos, halgazdálkodási jelentőséggel bíró halfajunk 27 van, ezek közül 24-et ki lehet fogni, viszont 3 faj, a kecsege, a széles kárász és a vágó durbics nem horgászható/halászható faj. A horgászható 24 halfaj közül többet (15+1) fogási tilalmi időszakkal és méretkorlátozással rendeleti úton védünk.
Az őshonos halaink mellett vizeinkben „rendszeresen előfordul” 23 idegenhonos, köztük 7 inváziós és 6 spontán jövevényfaj is.
A MA-HAL a MATE és a MOHOSZ szakmai javaslatait elfogadva a 8 standard telepítési célú halfaj mellett még 12+1 fajt tart célszerűnek telepítéshez tenyészteni, köztük olyanokat is, amelyeket tilos kifogni (2 faj). A szakemberek az egyes tokféléket, valamint az idegenhonos amurt és pisztrángsügért korlátozott hasznosításra ajánlják a horgászvizek, halastavak üzemeltetőinek.
