Ezeket a betegségeket többnyire gombák okozzák, amelyek nagy része gyengültségi károsító, azaz a legyengült, beteg fákat, cserjéket fertőzik meg. A betegség kialakulásának kedvez még a pangó víz az ültetvényben, vagy a víz és tápanyagok hiánya, illetve a fák magas kora, de különféle kórokozók, kártevők nagyobb mértékű fellépése is hozzájárul a tünetek kifejlődéséhez.

A károsítás jellegzetes tünete, hogy a fák az egyre nagyobbodó, nyílt sebeket a kéreg és a farész szöveteit megduzzadva próbálják benőni és lezárni, ami a kórokozók nagy életképessége miatt általában sikertelen. A sebek egyre mélyebbé és szélesebbé válnak, míg végül a felettük lévő ág, majd az egész fa elpusztul. A gyümölcsfákon leggyakrabban a következő betegségek fordulnak elő.

A nektriás ágrák a gyümölcsfajok közül az alma, a körte és a dió betegségeként ismert elsősorban. Hosszú lefolyású, krónikus ágbetegséget okoz, ami ágelhalással, koronapusztulással, néha fapusztulással jár. Jellegzetes tünete, hogy a fertőzés helye körül a héjkéreg megsötétül és besüpped. A fertőzött háncsszövetek elhalnak, és az évek során az ág elrákosodik. A fertőzött rész környékét kezdetben fedi az elpusztult kéreg, később azonban fölrepedezik és leválik a sebről.

A betegség ellen leginkább a fertőzések megelőzésével védekezhetünk. Az őszi zárópermetezést célszerű rézkészítményekkel végezni. Kialakult fertőzés esetén a fertőzött ágrészeket a téli metszéssel el kell távolítani, a sebeket pedig – bármi is okozta azokat – gondosan le kell zárni. Ahol a fertőzés veszélye ismételten fennáll, az őszi permetezésen túl, célszerű tavasszal is egy rezes permetezést alkalmazni. Sajnos számos igen népszerű almafajta (pl. a Gala) fogékony a fa- és kéregbetegségekre. A gyenge növekedésű törpesítő alanyok (pl. M9, M26) tulajdonsága, hogy a rájuk oltott nemes is gyengébb növekedésű, ami elősegíti a fertőzést. Az ilyen alanyokon levő fák jóval kisebb törzskerülete miatt (az erős alanyokon álló fákhoz képest) a kórokozók már fiatal korukban könnyen „meggyűrűzhetik” ezeket.

Az alma fomopszisos rákja régóta ismert betegség itthon, de az alma ritkábban előforduló kéregbetegségének tekintik. Gazdanövénye elsősorban az alma és a körte. A gallyakon, vesszőkön szürke, szürkésbarna besüppedő foltok alakulnak ki, amelyek évről évre nagyobb kiterjedésűek lesznek és rákosodnak. A foltok szélén, az elhalt és az ép szövet határán mély repedés keletkezik. A beteg részeken apró, kiemelkedő piknídiumok törnek elő. A fertőzés általában nyáron vagy ősszel következik be. A kórokozó a fás növényi részekben gombafonalakkal és piknídiumokkal telel át. A gomba elsősorban sebparazíta, de a levélripacsokon keresztül bejuthat a vesszőbe. A fertőzött részeket minél hamarabb el kell távolítani és a helyüket kezelni.

A körte potebniamices rákbetegsége a körtefák fás részeit (vesszőit, gallyait, ágait, törzsét) támadja meg sebeken vagy elszáradó, letört, sérült termőrészeken keresztül. A fertőzött egy-két éves részeken hosszirányú vörösesbarna elhalás látható, amely gyorsan körülöleli a vesszőt vagy a gallyat, és annak pusztulását okozza. Idősebb fás részeken ez a folyamat több évig is eltarthat. A fertőzés helyén a kéreg besüpped, majd koncentrikus elrendezésben repedések jelennek meg. Ezek a tünetek a lomhullás után válnak szembetűnővé. A fertőzött ágrészeket a metszés alkalmával el kell távolítani és megsemmisíteni, a sebeket pedig sebkezelő anyaggal kezelni.

A fertőzött fa levelei hirtelen elszáradnak, vörösesbarnára színeződve a fán maradnak. Igen szembetűnő a tenyészidőszakban a korona részleges vagy teljes pusztulása. A kórokozó leginkább friss sebzéseken és levélripacson keresztül fertőz, de más kórokozók által elpusztított részeken is megtelepszik, és a fa súlyos, krónikus betegségét okozhatja. Fontos megelőző lépés az ép, egészséges szaporítóanyag ültetése. A fertőzés megelőzhető a mechanikai sérülések és a nyugalmi időszakon kívüli metszés kerülésével. A sebeket mindig kezelni kell sebkezelő anyaggal. A rezes lemosó permetezés tavasszal (rügypattanás előtt és rügypattanás után) két alkalommal és lombhullás után (bordóilével vagy réz-oxiklorid hatóanyagú szerrekkel) a gombabetegségek mellett a baktériumos megbetegedések megelőzésére is szolgál.